Uma das grandes dúvidas sobre a Wii U que acabou por se dissipar refere-se ao facto de se saber até que ponto a consola seria retrocompatível com antigos sistemas da Nintendo, se se limitaria apenas à Wii ou se iriam mais longe.
Mark Franklin, relações públicas da Nintendo, falou com o site Giant Bomb, para afirmas que a Wii U não será compatível com os jogos da Gamecube, o que explicaria a ausência de entradas para o comando dessa consola no novo sistema da Nintendo.