Ao fim de 6 horas de tentativa erro e de muito pesquisar, por fim consegui que ele seguisse em frente. De facto é normal dar aquele erro e o telefone começa actualizar. O mal é que dava erro e o telefone continuava na mesma sem actualizar.
Vou deixar aqui a solução para mais pessoal que esteja interessado. Como disse tinha cloudy 3.3. Instalei hoje a CM13, uma vez que não conseguia instalar o kdz da rom original. Continuei a ler mais um bocado e encontrei o seguinte:
Entram em modo recovery, depois entram em terminal command. Escrevem o seguinte:
dd if=/dev/zero of=/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/fota
Carregam em enter.
Depois escrevem o seguinte:
dd if=/dev/zero of=/dev/block/platform/msm_sdcc.1/by-name/misc
Novamente enter. Fazem reboot e usam o LG Flash tools normalmente.
Vai dar erro, mas o telemóvel começa actualizar. Foram umas 6 horas perdidas à volta disto. Não havia maneira. Tentei de tudo, só assim consegui resolver. Funciona em windows 10, ao contrário daquilo que eu pensava que era o problema.
Muito obrigado Helix pela ajuda.